Para más de cien años hubo diversos intentos de fundar el colegio de medicina en la Ciudad de México. Finalmente, en 1833 se creó la Dirección general de Instrucción Pública integrada por seis establecimientos, uno de ellos el de Cuencas Médicas, que pronto se convertiría en el Colegio de Medicina.

Se instaló en lo que había sido la Casa del Vínculo de los Betlemitas, el espacio que habitaban los frailes que habían dejado temporalmente el convento con la intención de purificarse y que se ubicaba a un lado de la iglesia, sobre la calle de Tacuba. En ese terreno se encuentra hoy una perfumería y la casa de mármol que perteneció a Manuel Romero Rubio.

El edificio era tan amplio que los estudiantes foráneos podían alojarse ahí para aprovechar plenamente el tiempo para estudiar.

En agosto de 1836 el Congreso aprobó un decreto para entregar el inmueble a las monjas del Convento de Nuestra Señora de Guadalupe, conocidas como de la Nueva Enseñanza. La Escuela de Medicina abandonó sus instalaciones y los médicos tuvieron que impartir clases en sus propias casas.

La comunidad religiosa que llegó al convento atendría el Colegio de la Nueva Enseñanza, donde las alumnas recibían educación gratuita y las que estaban internas pagaban su manutención con semillas o ropa. Las religiosas eran indígenas y tenían una vida muy activa. Su rutina diaria iniciaba a las 4:30 de la mañana y terminaba a las 9 de la noche. Atendían y vigilaban las actividades escolares, recibían clases de música, se hacían cargo del convento y para subsistir vendían anís y planchaban ropa de otras iglesias.

Las monjas fueron exclaustradas por disposición del presidente Benito Juárez en 1861. Dos años más tarde regresaron al edificio, aunque su estancia fue temporal pues en 1865 tuvieron que dejar definitivamente ese espacio.