El hospital de Nuestra Señora de Belén y San Francisco Xavier atendían a personas que estaban recuperándose de alguna enfermedad. Nadie podía ser excluído por su raza o nivel social. Al principio no recibía mujeres, pero pudo hacerlo a partir de 1711.

El hospital era, al mismo tiempo, un espacio de caridad cristiana y un lugar para la práctica de la medicina científica.

En aquella época, la enfermedad era vista como un mal causado por el demonio o una consecuencia del pecado. Por eso, cuando llegaba un nuevo paciente, no era interrogado ni valorado clínicamente; primero se le confesaba. Si su condición no era grave tenía que esperar hasta el día siguiente para que lo revisara el médico.

Todos los enfermos oían misa en el patio y se confesaban dos veces al día. Se rezaba para sanar no solo el cuerpo, si no el alma. Los Betlemitas ofrecían a los enfermos muy graves una muerte digna, otorgándoles los santos óleos y un lugar para ser enterrados dentro del convento.

Los hermanos de la orden atendían el hospital. Además de velar por la salud espiritual de los convalecientes, limpiaban las salas, daban de comer a los enfermos y les administraban sus tratamientos y medicinas. Debían tener conocimientos básicos de farmaceútica, anatomía, enfermería y cirugía.

El enfermero mayor tenía a su cargo la administración y el funcionamiento del hospital. Organizaba el trabajo de los demás religiosos y era responsable de hacer cumplir las instrucciones del médico, al que acompañaba durante su visita con los pacientes. Cada hospital tenía su propio doctor y el de la Ciudad de México probablemente contaba, además, con una botica y un boticario.