El hospital de los Betlemitas en la Ciudad de México era conocido por la limpieza de sus instalaciones y la calidad de sus servicios. Todos los días los religiosos barrían, cambiaban las sábanas y se esmeraban por cuidar de sus pacientes. Entre 1675 y 1762 atendieron a casi 80 mil personas, de las que sólo fallecieron 116.

De especial importancia fue la labor que realizaron durante las epidemias que sufrió la Nueva España durante el siglo XVIII, como la de viruela en 1726 y la peste o matlazáhuatl en 1737. Aunque ambas enfermedades afectaron a toda la población sus concecuencias fueron devastadoras para los más pobres. Durante esos episodios los barbones tuvieron que cerrar su escuela para poder recibir y atender a la gran cantidad de enfermos que llegaban al hospital.

Como reconocimiento a la labor realizada, los Betlemitas tenían permitido salir del convento para atender, cuidar o acompañar enfermos, además de sus visitas a otros hospitales para recoger a los enfermos convalecientes.

Otra característica del hospital de Nuestra Señora de Belén era la gran cantidad de pinturas que decoraban sus salas. A pesar del voto de pobreza y humildad, los Betlemitas tenían permitido poseer obras de arte por lo que la portería, la escalera y el claustro del hospital estaban adornados con imágenes religiosas de gran calidad.

Tal era el gusto de los Betlemitas por la pintura que, según las crónicas, fray Francisco del Rosario había ordenado a las golondrinas abandonar el edificio para evitar que ensuciaran las obras y ellas obedecieron. Sin embargo, dos años después, una se atrevió a regresar. Muy molesto, fray Francisco la maldijo en el nombre de Dios y la golongrina cayó muerta ahí mismo. Esto sirvió de ejemplo a sus compañeras que no volvieron a intentar anidar en el convento.