Cuando fray Pedro de Betancourt fundó su primer hospital en Guatemala, abrió también una escuela para enseñar doctrina cristiana y primeras letras a los niños, jóvenes y adultos de escasos recursos. Para tal fin contrató un maestro al que pagaba de las limosnas que recibía.

Su método educativo era práctico. Además de rezar en la capilla del hospital, los estudiantes celebraban los días festivos y salían en procesión todos los viernes hacia la iglesia del Calvario. Para motivarlos a aprender fray Pedro les regalaba dulces y frutas. Las niñas asistían a clases por la mañana y los niños lo hacían por la tarde.

La vocación educativa de los Betlemitas los hizo muy populares en la comunidad. Por eso, cuando establecieron su primer hospital en la Ciudad de México también abrieron una escuela.

Sus clases incluían las primeras letras, nociones básicas de cálculo, catecismo y buenas costumbres. Eran gratuitas para la mayoría de los estudiantes, entre los que había niños, soldados e indios pobres. Algunos recibían papel, plumas y tinta o se les permitía vivir en el convento a cambio de apoyar en las labores cotidianas.

La escuela solo cerraba durante las epidemias y crisis agrícolas, cuando se requería de espacio para atender a los enfermos.

Los Betlemitas se hicieron famosos por los castigos que aplicaban. Algunos autores los identifican con la conocida frase: "la letra con sangre entra". Sin embargo, la diciplina era parte de la mentalidad de la época y los castigos físicos se usaban para evitar el desorden y alentar el aprendizaje. El propio hermano Pedro creía que "si el golpe de la disciplina abre la puerta, para que salte la sangre y entren las letras serían muy bien..."

En 1776 el colegio de Belén atendía 500 alumnos y a principios del siglo XIX gozaba de gran reconocimiento.