Bajo el liderazgo de fray Rodrigo de la Cruz, los Betlemitas pronto expandieron su labor a otras ciudades de la Nueva España y del continente americano. A pesar de que en un principio no contaban con el reconocimiento del Papa, aprovecharon sus relaciones con personas muy influyentes para fundar hospitales.

Por lo general, las autoridades religiosas los invitaban a establecerse temporalmente en otras ciudades. Como los beneficios de su labor eran evidentes, tanto el virrey en turno como el Real Consejo les daban permiso para hacerlo de forma permanente.

Tras la fundación del hospital de San Francisco Xavier en la Ciudad de México, hoy sede del Museo Interactivo de Economía (MIDE), los Betlemitas se trasladaron a la ciudad de Puebla en 1686 recibieron autorización para abrir un hospital. Pronto construyeron las enfermerías, los salones para su escuela de primeras letras y una iglesia. Poco tiempo después comenzaron su labor en la ciudad de Antequera, hoy Oaxaca. Ahí fundaron el Hospital de Nuestra Señora de Guadalupe.

En 1706 se hicieron cargo del Hospital de San Miguel en Guadalajara, que se encontraba en muy mal estado. Esta institución tuvo un papel muy importante en la atención de los enfermos en momentos de necesidad, como las crisis agrícolas de 1787 y 1794. Para ofrecer una mejor atención, los Betlemitas construyeron un nuevo edificio, cuya planta tenía forma de estrella.

Estos hospitales, junto con los establecidos en otras ciudades de la Nueva España, como Guanajuato, Perote, Veracruz y Tlalmanalco, son testimonio del compromiso de los Betlemitas con la atención de enfermos y desamparados.

La Orden de Nuestra Señora de Belén también se extendió hacia otras regiones de América, como Cuba, Perú, Ecuador, Venezuela, Bolivia y Argentina. Su labor asistencial fue reconocida y apreciada tanto por las autoridades como por la población en general.