En un principio, los Betlemitas no podían adquirir propiedades ni obtener ingresos debido a que el rey era el patrono de la orden y sus hospitales. Para mantenerse dependían de su habilidad para atraer benefactores y donativos. En 1721 el monarca les dio permiso de recibir y administrar libremente bienes, rentas y limosnas. Además, le concedió el beneficio de no tener que rendirle cuentas.

En la Ciudad de México la congregación contaba con apoyo de numerosos benefactores que cubrían los gastos de uno o varios días de funcionamiento del hospital o daban limosnas que se repartían entre los pobres que lo visitaban. Varios religiosos se ocupaban de reunir las dádivas y cumplir los compromisos con los donantes.

La principal fuente de ingresos eran limonsnas. Muchas personas dejaban dinero y propiedades como herencia o a cambio de misas anuales, por lo que levar el control de esas obligaciones no era tarea fácil.

En 1742, por ejemplo, los religiosos recibieron en donación una casa valorada en 1,300 pesos. A cambio se comprometieron a rezar 18 misas anuales por sus benefactores. La casa se encontraba en el callejón de Bilbao, muy cerca del portal de Mercaderes. Tiempo después, cuando se reconstruyó el portal, hubo necesidad de demolerla y los Betlemitas descubrieron que era de adobe y no de piedra, como les habían dicho. Como solo pudieron venderla en 325 pesos, decidieron oficiarl el número de misas equivalente a esa cantidad.

Como su fundador, los Betlemitas fueron excelentes administradores. Cuando gray Pedro abrió su primer hospital, el costo de los alimentos para los enfermos se distribuía entre 30 vecinos que financiaban los gastos de día cada mes. Para obtener recursos adicionales mandó construir ermitas dedicadas a las ánimas del purgatorio. Una parte de las limosnas se empleaba en el hospital y el resto para hacer misas.