Cuando los Betlemitas abandonaron su hospital, la Compañía Lancasteriana abrió ahí su primera escuela primaria de enseñanza mutua en 1823.

El sistema lancasteriano fue inventado en Inglaterra y llegó a ser muy popular en México debido a que requería poco personal para atender a muchos alumnos. Estos se dividían en grupos de diez y recibían clases de niño más grande al que previamente había instruido el maestro. El profesor vigilaba la diciplina de las clases y sólo intervenía en caso de ser necesario.

Durante la jornada escolar, que duraba de seis a siete horas, los niños aprendían doctrina cristiana, escritura, gramática y aritmética, que se impartían de manera simultánea en sus diferentes niveles o clases. Quienes dominaban los contenidos de una clase eran promovidos a la siguiente, por lo que un alumno podía estar en diferentes grados al mismo tiempo.

Los niños debían estar activos todo el tiempo. En clase de escritura aprendían a trazar las letras, que dibujaban con un aplito en un cajón de arena. Si ya las conocían, el maestro les daba tablillas para que escribieran palabras completas. El uso de plumas y papel estaba reservado para los niveles avanzados.

Al término de la clase, los niños se levantaban de sus mesas y, de acuerdo a su nivel de lectura, formaban semicírculos para trabajar con su monitor alrededor del "telégrafo". Los telégrafos eran palos de madera con un aspa de hojalata, que de un lado decía el número de la clase y del otro tenía la sílaba "EX", que quería decir examen.

Un aspecto clave del método lancasteriano era el sistema de recompensas y castigos. Los estudiantes aplicados recibían "divisas de mérito" que podían cambiar por premios todos los domingos. Los latosos llevaban al cuello tarjetas con la falta cometida o se arrodillaban con los brazosw en cruz, cargando piedras en las manos.