En la época que el hermano Pedro de San José de Betancourt se dio a la tarea de construir su hospital para convalecientes, fray Payo Enríquez de Rivera era obispo de Guatemala. Testigo del gran esfuerzo y dedicación de los hermos Betlemitas, no los olvidó cuando lo nombraron arzobispo y virrey de la Nueva España en 1672. De inmediato escribió al hermano mayor del hospital para solicitar le mandase cuatro religiosos para fundar una institución similar en la Ciudad de México.

Los primeros Betlemitas llegaron a México en 1673. Fray Payo los hospedó en el hospital del Amor de Dios, institución dedicada a atender enfermedades venéreas. Ahí estuvieron varios meses, hasta que el virrey convenció a la Congregación de San Francisco Xavier de donarles un edificio que se encontraba en la calle de Villerías (Filomeno Mata), muy cerca de la esquina con San Andrés (Tacuba).

El inmueble había sido construído pocos años antes para amparar a mujeres desvalidas, pero no existían los recursos para echar a andar el proyecto. Los miembros de la congregación aceptaron cederlo con la condición de que el nuevo hospital estuviese bajo la advocación de San Francisco Xavier.

El Hospital de Nuestra Señora de Belén y San Francisco Xavier fue inagurado el 31 de mayo de 1675. Inicialmente contaba con quince camas, distribuidas en tres salas: una para indios, negros y mulatos, otra para españoles y una más para los religiosos.

Además, los Betlemitas acondicionaron un espacio para su escuela de primeras letras, actividad que los distinguía de otras órdenes hospitalarias. El hospital funcionó hasta 1821, dando nombre a la calle o callejón de Betlemitas (Filomeno Mata). Desafortunadamente, esa construcción ya no existe.